В 1991 году в КамчатНИРО создается сектор по изучению промысловых беспозвоночных при  лаборатории донных рыб. Первым заведующим созданного сектора становится  Эдуард Рудольфович Шагинян. Год спустя, 13 апреля 1992 года, сектор преобразуется в самостоятельную новую  лабораторию промысловых беспозвоночных и водорослей, руководителями которой, в разные годы, были В.С.Левин, В.Н.Лысенко, А.Г.Бажин. В настоящее время руководит лабораторий Павел Юрьевич Иванов.

С этого же года начинаются активные экспедиционные исследования промысловых беспозвоночных. В Охотском море проводятся исследования камчатского, синего, равношипого и волосатого крабов, северной креветки. В Авачинском заливе выполнены исследования по морским ежам и дана оценка их запаса. С 1993 года объектом исследований лаборатории становятся крабы-стригуны Бэрда и опилио Берингова и Охотского морей и заливов Восточной Камчатки, а также западно-беринговоморская популяция синего краба. В 1995 году начинаются исследования по крабу-стригуну опилио северо-восточной части Охотского моря. Таким образом, за короткий промежуток времени исследованиями охвачены основные объекты из числа промысловых беспозвоночных, обитающих в прикамчатских водах.

За годы существования лаборатории ее сотрудниками достигнуты значительные успехи в области изучения промысловых беспозвоночных и они по праву добились заслуженного уважения среди коллег других региональных и бассейновых институтов. Об этом свидетельствует и то, что в настоящее время двое сотрудников лаборатории являются членами Дальневосточного совета по промысловым беспозвоночным.

В настоящее время важнейшим направлением  деятельности лаборатории является разработка прогнозов состояния сырьевой базы промысловых беспозвоночных, обоснование годовых прогнозов ОДУ для рационального использования запасов гидробионтов и изучение их биологии. По рекомендациям специалистов лаборатории осуществлен ряд мер по регулированию промысла крабов.